FM-indeks

Sažetak na hrvatskom: Ubrzan razvoj računarstva zadnjih nekoliko desetljeća omogućio je obradu velikih količina podataka, pa tako i genetskih podataka. Cijeli genomi mogu imati i više milijardi znakova, te je potrebno stvoriti programe koji efikasno, memorijski i vremenski, obavljaju određene zadatke...

Full description

Permalink: http://skupnikatalog.nsk.hr/Record/fer.KOHA-OAI-FER:51538/Details
Glavni autor: Radanović, Juraj (-)
Ostali autori: Domazet-Lošo, Mirjana (Thesis advisor)
Vrsta građe: Drugo
Impresum: Zagreb, J. Radanović, 2019.
Predmet:
LEADER 02388na a2200229 4500
003 HR-ZaFER
008 160221s2019 ci ||||| m||| 00| 0 hr d
035 |a (HR-ZaFER)ferid7379 
040 |a HR-ZaFER  |b hrv  |c HR-ZaFER  |e ppiak 
100 1 |a Radanović, Juraj  |9 40827 
245 1 0 |a FM-indeks :  |b završni rad /  |c Juraj Radanović ; [mentor Mirjana Domazet-Lošo]. 
246 1 |a FM-index  |i Naslov na engleskom:  
260 |a Zagreb,  |b J. Radanović,  |c 2019. 
300 |a 39 str. ;  |c 30 cm +  |e CD-ROM 
502 |b preddiplomski studij  |c Fakultet elektrotehnike i računarstva u Zagrebu  |g smjer: Računarska znanost, šifra smjera: 41, datum predaje: 2019-06-14, datum završetka: 2019-07-12 
520 3 |a Sažetak na hrvatskom: Ubrzan razvoj računarstva zadnjih nekoliko desetljeća omogućio je obradu velikih količina podataka, pa tako i genetskih podataka. Cijeli genomi mogu imati i više milijardi znakova, te je potrebno stvoriti programe koji efikasno, memorijski i vremenski, obavljaju određene zadatke. Jedan od zadataka je pretraživanje određenog slijeda nukleotida u cijelom genomu, čime sam se bavio u ovom radu. Koristio sam dvije inačice programa kako bih usporedio rezultate i pokazao poboljšanje performansa programa. Na temelju donesenih rezultata, izvodim zaključak da je brzina traženja podniza sa stablom valića i RRR strukturom znatno brže uspoređujući s iterativnom inačicom.  
520 3 |a Sažetak na engleskom: Rapid development of computing in the last few decades enabled processing of large data sets, including genomic data. Whole genomes can be stored as sequences whose length is several billion characters, so it is necessary to develop programs, which are both memory and time efficient. One of the tasks is looking up a certain subsequence in a genome. I focus on this problem in my thesis. I have used two versions of the program to compare results and to show how to improve the performance of the program. Based on the results, I made conclusions that the speed of finding a pattern in a string with a wavelet tree and RRR structure is significantly faster than its iterative counterpart.  
653 1 |a bioinformatika  |a genom  |a nukleotidi  |a FM-indeks  |a RRR strutkura  |a stablo valića 
653 1 |a bioinformatics  |a genome  |a nucleotides  |a FM-index  |a RRR structure  |a wavelet tree 
700 1 |a Domazet-Lošo, Mirjana  |4 ths  |9 31117 
942 |c Z 
999 |c 51538  |d 51538