Popravljanje postojećih genoma koristići dugačka očitanja s velikom greškom

Sažetak na hrvatskom: Popravljanje postojećih genoma koristeći dugačka očitanja s velikom greškom obećavajući je pristup za popunjavanje rupa u nedovršenim genomima. Dvije metode predložene su za produljivanje kontiga. Prva se temelji na lokalnom i globalnom poravnanju očitanja koja su moguća produl...

Full description

Permalink: http://skupnikatalog.nsk.hr/Record/fer.KOHA-OAI-FER:46497/Details
Glavni autor: Čulinović, Marko (-)
Ostali autori: Šikić, Mile (Thesis advisor)
Vrsta građe: Drugo
Impresum: Zagreb, M. Čulinović, 2015.
Predmet:
LEADER 02160na a2200241 4500
003 HR-ZaFER
005 20160620143236.0
008 160221s2015 ci ||||| m||| 00| 0 en d
035 |a (HR-ZaFER)ferid2347 
040 |a HR-ZaFER  |b hrv  |c HR-ZaFER  |e ppiak 
100 1 |a Čulinović, Marko  |9 37190 
245 1 0 |a Popravljanje postojećih genoma koristići dugačka očitanja s velikom greškom :  |b diplomski rad /  |c Marko Čulinović ; [mentor Mile Šikić]. 
246 1 |a Scaffolding Using Long Error-Prone Reads  |i Naslov na engleskom:  
260 |a Zagreb,  |b M. Čulinović,  |c 2015. 
300 |a 43 str. ;  |c 30 cm +  |e CD-ROM 
502 |b diplomski studij  |c Fakultet elektrotehnike i računarstva u Zagrebu  |g smjer: Računarska znanost, šifra smjera: 56, datum predaje: 2015-06-30, datum završetka: 2015-07-03 
520 3 |a Sažetak na hrvatskom: Popravljanje postojećih genoma koristeći dugačka očitanja s velikom greškom obećavajući je pristup za popunjavanje rupa u nedovršenim genomima. Dvije metode predložene su za produljivanje kontiga. Prva se temelji na lokalnom i globalnom poravnanju očitanja koja su moguća produljenja kontiga, a druga koristi POA algoritam za generiranje konsenzus sekvence iz tih očitanja. Rad metoda testiran je na dva različita skupa podataka dugačkih očitanja - PacBio i Oxford Nanopore Technologies očitanja. Projekt je implementiran u programskom jeziku C++. 
520 3 |a Sažetak na engleskom: Scaffolding using long error-prone reads is very promising method for completion of draft genomes. Two methods were proposed for extending contigs in draft genomes. First one is based on local and global realignment of possible extension reads and second one uses POA algorithm for generating consensus sequence from these reads. Program was tested on two different types of long reads, PacBio and Oxford Nanopore Technologies. Project is implemented in C++ programming language. 
653 1 |a Skafold  |a lokalno i globalno poravnanje  |a POA  |a PacBio  |a Oxford Nanopore 
653 1 |a Scaffolding  |a local and global realignment  |a POA  |a PacBio  |a Oxford Nanopore 
700 1 |a Šikić, Mile  |4 ths  |9 29535 
942 |c Y  |2 udc 
999 |c 46497  |d 46497