Poravnanje dugačkih RNA očitanja : završni rad - Jurić, Antonio (A. Jurić, 2016)
Sažetak na hrvatskom: Poravnanje dugačkih RNA očitanja jest problem pronalska s kojeg dijela reference je nastalo dobiveno RNA očitanje. Problem se razlikuje od poravnanja DNA nizova u kojem želimo sastaviti cjelokupni genom zbog posebnih stvojstava RNA koja bitno kompliciraju cijeli proces. U ovom radu opisana je problematika poravnanja nizova RNA. Alat za poravnanje nizova GraphMap problem poravnanja nizova RNA rješava u pet faza: posljednju fazu obrađuje ovaj rad. U toj fazi pokušavamo pronaći najbolje grupe (manje dijelove očitanja) za poravnanje pojedinog očitanja. Algoritam koji je razvijen za problem odabira najboljih grupa sadrži dva algoritma koji se pokreću ovisno u ukupnom broju grupa: knapsack složenosti 𝑂(𝑁^2) te 2D logaritamsku strukturu složenosti 𝑂(𝑁⋅𝑙𝑜𝑔^2(𝑁)) gdje je N broj grupa.