Poboljšanje sastavljenih genoma metodama dubokog učenja : diplomski rad - Jurić, Antonio (A. Jurić, 2018)
Sažetak na hrvatskom: Razvijanje alata koji sastavljaju genom s dovoljnom točnošću da bi bili upotrebljivi u praksi još je otvoren problem. Uređaji treće generacije za sekvenciranje genoma omogućuju sastavljanje genoma s manjom stopom fragmentiranosti te visokom točnošću. Konačnu točnost sastavljenog genoma u ovom radu pokušavamo popraviti metodama dubokog učenja. Trenirana konvolucijska duboka mreža na temelju naučenih frekvencija pojedinih baza, umetanja i brisanja popravlja konačni genom ispravljajući pronađene pogreške. Mreže su pripremljene za Pacific Biosciences te Oxford Nanopore podatke. Trenutni rezultati pokazuju da modeli na nekim konsenzusima neznatno poprave, dok na drugima neznatno snize druge točnost. No, modele je moguće još popraviti s nizom neisprobanih ideja opisanih na kraju rada.