BioMe - alat za statističku analizu viološki važnih metala : [nagrađeni studentski rad za Rektorovu nagradu u ak.god. 2011./2012.] - Tus, Alan (Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2012)
U ovom radu je opisan sustav za statistiˇcku analizu metala u biomolekulama izra ¯ den na Fakultetu elektrotehnike i raˇcunarstva na Sveuˇcilištu u Zagrebu. Sustav se sastoji od tri dijela: baze podataka, parsera i web suˇcelja za statistiˇcku analizu. Potpuno je automatiziran te se osvježava svakog tjedna nakon ažuriranja centralne proteinske baze podataka (http://www.pdb.org/) iz koje se preuzimaju podaci. Razvoj traje ve´ c tre´cu godinu i u planu su još mnoge nadogradnje i proširenja. Višedretveni parser mmCIF datoteka je implementiran u Java tehnologiji i optimiziran tako da iskoristi prednosti višeprocesorskog okruženja. Obavlja posao odabira, analize i spremanja odabranih struktura iz oko 16 GB ulaznih podataka. mySQL baza podataka u konaˇcnici sadrži podatke o svim strukturama, lancima, metalnim ligandima i atomima te odgovaraju´cim udaljenostima, kutovima i geometrijskim strukturama. Takostvorenabazapodataka,veliˇcineoko150MB,služizastatistiˇckuanalizui javnojedostupnazapreuzimanje. Prvenstvenosudostupnipodacizaproteinske,RNA i DNA lance, ali i za sve ostale komponente biomolekula. Statistiˇcku analizu mogu´ce je obaviti kroz web suˇcelje implementirano pomo´cu GWT-a. Korisnik može saznati razne statistiˇcke podatke kao što su prisustvo odabranog liganda u koordinaciji s metalom, raspodjelu koordinacijski brojeva, postotak metalnih iona koordiniran s kombinacijama odabranih ligada, raspodjelu monodentatnih i bidentatnih metalnih karboksila, raspodjelu po koordinatnim geometrijama te druge. Rezultati su dostupni u brojevnom i graﬁˇckom formatu. Baza podataka i suˇcelje za statistiˇcku analizu služe kao bogat izvor informacija za istraživaˇcku zajednicu. Uloga metala u proteinima je još uvijek slabo istraženo podruˇ cje,stogavjerujemoda ´ceovajalatposlužitiznanstvenicimaubudu´cimistraživanjima. U usporedbi s postoje´cim alatima, ovaj alat je daleko nadmo´cniji zato što uvijek nudi najsvježiju informaciju, objedinjuje sve ponu¯dene podatke na jednom mjestu i nudi mnoštvo novih podataka. Osim navedenoga, sustav je brži i stabilniji. Dostupan je na http://metals.zesoi.fer.hr. Kljuˇcnerijeˇci: PDB, proteini, nukeinske kiseline, biometali, statistiˇcka analiza